Началом коллекции послужили экспонаты, собранные для школьного музея учащимися Холмогорской школы. В настоящее время семь залов Холмогорского краеведческого музея «рассказывают» об истории и природе Холмогор, резьбе по кости, холмогорской породе скота, семье Берденниковых, о реалиях и быте советского времени. Отдельные залы посвящены Великой отечественной войне и родившемуся в Холмогорах фронтовику, общественному деятелю, публицисту и писателю Н.К. Жернакову.